Antes de la decisión tomada a nivel ejecutivo, el Club Guadalajara tenía ya su boleto para participar por octava vez en una Copa Libertadores.


El Rebaño es junto al América el equipo pionero en el torneo. En su debut en la edición de 1998, el Rebaño se quedó en la fase de grupos cuando terminó con 6 puntos, producto de dos victorias y cuatro derrotas al ganar por 1-0 sus juegos de local ante los brasileños Vasco de Gama y Gremio de Porto Alegre.


Ya con Jorge Vergara como dueño las Chivas volvieron siete años después a la Copa y en la edición del 2005 se quedó en Semifinales ante Atlético Paranaense.


Sin embargo, en Cuartos de Final se gestó quizá la noche más gloriosa del Rebaño a nivel internacional con la goleada de 4-0 sobre los xeneizes en el Jalisco, resuelta con un polémico juego de vuelta en la Bombonera de Buenos Aires, con el 0-0 suspendido por actos violentos en la tribuna.


En la edición del 2006 superaron la fase de grupos con 12 puntos y le quitaron un invicto de más de 20 años al Sao Paulo en el Estadio Morumbí con una victoria de 2-1 que retumbó en Brasil, pero se quedaron en la Semifinal ante el mismo cuadro brasileño por 4-0 global.

En el 2009 superó la ronda de grupos, pero fue inhabilitado para participar en las finales por el brote y alerta sanitaria en México de la gripe AH1N1.

En la edición del 2010 el Rebaño fue reinstalado en la Copa en Octavos de Final llegando a la gran Final, la cual perdieron ante el Internacional de Porto Alegre en un juego que terminó en bronca.